1160年10月16日(延暦元年）に創祀されました。

「例祭」又は「例大祭」は創立記念の祭りです。

新日吉神宮では神仏混淆の伝統を残し、
10月の例祭と春の大祭(神幸祭）には新日吉大神の
御前で天台宗・妙法院門跡の僧侶の方々が
般若心経(お経）をあげられます。